Fadrique de Ribera, muerto en 1539, dispuso en su testamento la construcción de un hospital frente a la puerta Macarena, “tal y de tal calidad que se pueda tener y tenga por obra perpetua”. Llamado de las Cinco Llagas, fue en su momento el mayor de Europa con más de mil camas para hombres y mujeres. Esta función se mantuvo hasta 1972 y, tras años de abandono, se restauró para ser, desde 1992, la sede del Parlamento de Andalucía. Martín de Gaínza realizó las trazas del Hospital en 1546. La planta del hospital renacentista que se había impuesto desde los Reyes Católicos era un gran rectángulo en el que se cruzaban dos naves dando lugar a cuatro patios. En este modelo, una iglesia se situaba en la intersección de las naves y así lo planteó Gaínza, sin embargo, Hernán Ruiz II lo varió, construyendo en 1584 una iglesia exenta en uno de los patios delanteros.

Según Chueca Goitia, constituye “la más grandiosa organización de edificio religioso clásico que tenemos en España antes del Escorial”. La monumental portada principal la forman dos cuerpos con columnas pareadas que soportan un frontón recto rematado por jarrones. Juan Bautista Vázquez “el Viejo” labró en 1564 los relieves en mármol del arco de entrada que representan a las Virtudes Teologales. La planta rectangular de una sola nave con capillas entre los contrafuertes inició el modelo llamado “de cajón”. Éste influyó en el barroco sevillano cuando, con el impulso de la Contrarreforma, se prefirió la funcionalidad de las iglesias de una sola nave que mejoraban la audición y contemplación de la Misa.